食用菌生产离不开消毒和灭菌，虽然大多数的食用菌生产者经常提起消毒和灭菌这两个词，但是其中有一部分食用菌生产并不是很清楚消毒和灭菌的区别。
消毒：是指杀死病原微生物、但不一定能杀死细菌芽孢的方法。
在食用菌生产中消毒主要是针对环境和物品进行的，比如接种室、培养室、接种工具、菌种袋表面等，主要消毒的方法有药物、紫外线、臭氧三种，从消毒的定义可以看出消毒所达到的无菌是相对的无菌，只是杀死了或抑制了对生产有影响的微生物，而细菌芽孢和真菌的孢子仍旧具有活力。
灭菌：采用强烈的理化因素使任何物体内外部的一切微生物永远丧失其生长繁殖能力的措施
在食用菌生产中灭菌主要是指培养基灭菌，即熟料栽培方式培养基的灭菌，主要采用高压灭菌和常压灭菌两种方式，从灭菌的定义可以看出来灭菌达到的无菌是绝对的无菌，通过灭菌达到杀死培养基中全部微生物的目的。
验证：用微生物检测的方法在消毒的环境中是可以检测到“活”的微生物，而灭菌的培养基中则不能检测到“活”的微生物。
在食用菌生产中，针对同一环境消毒的方法是多样的，可以是一种，也可以是几种，比如先使用药物，再使用紫外线，多种方法的同时或者交替使用更容易达到理想的效果。
净化既不是消毒、也不是灭菌。
净化室（无尘室）：指将一定空间范围内之空气中的微粒子、有害空气、细菌等之污染物排除，并将室内之温度、洁净度、室内压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内，而所给予特别设计之房间。
可以看出，净化在食用菌生产中是达到和消毒一样的目的，并代替消毒，相比较消毒，净化对人体健康没有任何影响，因为净化采用的是物理过滤的方式，不需要任何的药物和化学物质。
